У «католических королей» было пятеро детей. Единственный их сын умер в 1497 году, и наследницей стала Иоанна (Хуана), выданная в 1496 за герцога Бургундии Филиппа Габсбурга. Династические браки, связавшие Испанию с Бургундией, Англией и Португалией, привели её в стан врагов Франции. Впрочем, от Бургундии, как мы уже знаем, Габсбургам достались только Нидерланды. Переехав туда, Хуана была потрясена контрастом между строгими нравами Испании и разгульной жизнью во Фландрии. Она ревновала изменявшего ей супруга до такой степени, что была объявлена безумной. В 1504 Хуана унаследовала корону Кастилии, но реальная власть там принадлежала её отцу, ставшему регентом после смерти королевы Изабеллы. После смерти отца Хуаны в 1516 королём Испании стал её сын Карл Габсбург, годом ранее, принявший и наследство своего отца – Бургундию (Нидерланды). После смерти в 1519 другого его деда − императора Максимилиана, курфюрсты избрали Карла королём Германии, и он объявил себя императором – Карлом V. Воспитан он был во Фландрии, по-испански говорил плохо, и окружение его состояло из фламандцев. В Испании он видел лишь источник денег и людей. (Испанские солдаты всё время воевали, и были лучшими в Европе). Но испанцы уже в 1519 восстали. Была создана «Священная хунта», под контролем которой оказалась почти вся страна. Однако Карл сумел внести раскол в движение, и в 1522 повстанцы были разбиты. Некоторое время ещё держался Толедо, надеявшийся на помощь французского короля. А Карл в это время развязал войну с Францией, из которой вышел победителем, захватив в качестве трофея Италию. В 1527 году деньги у него всё же кончились и он не смог расплатиться с солдатами. Армия взбунтовалась и разграбила Рим. В 1546-55 он вёл войну в Германии, пытаясь восстановить католицизм. Однако добиться своего не смог, и принцип «чья власть, того и вера» был подтверждён.
Нижние земли Бургундии (Нидерланды) Карл V объединил в 1549 году. В 1556 он передал их своему сыну Филиппу, которому затем передал и Испанию. В 1557 году, разгромив французскую армию, Испания достигла апогея своего могущества. А Карл в 1558 отказался от императорской короны, и курфюрсты избрали императором его брата Фердинанда. Таким образом, произошло разделение величайшей империи. В отличие от отца, Филипп II считал основой своей империи Кастилию. Он вырос в Испании и опирался на испанскую знать. Получив Нидерланды в наследство, он повысил там налоги до испанского уровня, что вызвало возмущение. В то время в Голландии, как и во Франции, распространился кальвинизм. Кальвинисты составляли меньшинство, но были активны и даже агрессивны. Они стали разорять церкви, жечь иконы и скульптуры.
Заметим, что Испания (Арагон и Кастилия) долгое время были союзниками Франции и, следовательно, противниками Бургундии. Брак инфанты Хуаны и герцога Бургундского смешал карты. В правление Карла, Испания фактически была подчинена «бургундцам» (конечно не простолюдинам Бургундии, а бургундской знати, обитавшей теперь в Нидерландах). Политика Филиппа не могла не возмутить этих «бургиньонов»: как это, какие-то испанцы (уже разбитые в 1522) будут руководить! Да чем руководить – дележём американского серебра! Вот тут то голландцы и вспомнили про свой протестантизм и про испанскую инквизицию. Филипп был вынужден ввести в Нидерланды войска, пытаясь успокоить волнения. Но его безусловная поддержка католиков вызвала ещё большее напряжение. Голландские дворяне под руководством любимца Карла V графа Оранского (позже ставшего курфюрстом) образовали заговор. Граф набрал наёмное войско, и в 1567 году началась война. В Голландии она получила название восьмидесятилетней войны, в СССР её было принято называть Нидерландской революцией. Боевые действия на первом этапе складывались в пользу испанцев, и войска графа Оранского были разбиты.
В 1571 году испано-венецианскими силами был уничтожен турецкий флот. Испанской казне это обошлось не дёшево и на следующий год серебро кончилось. Войско испанцев в Голландии перестало получать жалование и взбунтовалось. Филипп был вынужден пойти на переговоры с голландцами, которых поддерживали другие протестанты: французские гугеноты, Англия. Французские же короли были не последовательны, и временами внешнюю политику Франции направлял гугенот адмирал Колиньи. Через еврейских посредников кальвинисты вступали в союз даже с турками, и говорили, что ислам протестантам ближе, чем католичество. После продолжительной борьбы южные провинции Нидерландов в 1579 подписали с Филиппом Аррасскую унию. Северные провинции создали Утрехтскую унию, которая в 1581 году отреклась от присяги Филиппу. К 1600 году силы сторон истощились, и было заключено перемирие. Одновременно воюя с Францией, Англией и Голландией, Испания оказалась в тяжелейшем положении. В 1596 году чтобы спасти государственную казну, пришлось сократить войска, а вслед за этим признать Генриха Наваррского (Бурбона) королём Франции (заставив, правда, его принять католичество).
Протестантские князья на юге и западе Германии объединились в 1608 году в Евангелическую унию. В ответ католики объединились через год в Католическую лигу. В 1618 в протестантской Чехии началось возмущение, вызванное попыткой императора поставить королём Чехии своего сына-католика. Противостояние переросло в общегерманскую войну, продолжавшуюся 30 лет. В эту войну были втянуты все европейские государства от Швеции до Италии и от Испании до Польши. Даже Россия, какое-то время, воюя с Польшей, фактически оказалась участницей этого противоборства. Тридцатилетняя война была одним из самых тяжёлых европейских конфликтов. Общие потери оценивают от 5 до 8 миллионов человек. На территории Германии от войны, голода и эпидемий погибло около 40% сельского населения и около 1/3 городского. Война изменила расстановку сил в Европе. Гегемония окончательно перешла к Франции. Упадок Испании стал очевиден. Швеция стала великой державой. Швейцария и Нидерланды были признаны независимыми государствами. Священная Римская империя сохранилась лишь номинально. Католики, лютеране и кальвинисты на её территории получили равные права. Влияние религии на жизнь государств Европы ослабело, и внешняя политика стала основываться на экономических, династических и политических интересах. Государства признали суверенитет друг друга, равноправие и нерушимость границ. После Тридцатилетней войны обрело силу княжество Бранденбург, на обезлюдевшие земли которого местный курфюрст открыл доступ всем изгнанникам. Железная воля этого князя была залогом в том, что все они согнутся «под иго закона». Были привлечены и колонисты, преимущественно из кальвинистов: голландцы, создавшие систему мелиорации и осушившие болота, и французы, открывшие шёлковые и шерстяные, зеркальные и свечные мануфактуры. С 1657 Бранденбургу принадлежало герцогство Пруссия, которое в 1701 было с ним объединено. Так образовалось королевство Пруссия.
Португалия усилиями английской дипломатии в 1640 году вновь отделилась, и испанцы, которые вели войны сразу на нескольких фронтах, не смогли её удержать. Несмотря на то, что Испанская империя сохранила огромные территории по всему миру, роль сильнейшей европейской державы перешла к Франции, против которой теперь объединилась почти вся Европа. В 1686 году против французского короля Людовика XIV была образована «аугсбургская лига», в которой приняли участие император, Испания, Швеция, Голландия, Савойя, некоторые немецкие курфюрсты и итальянские государи. Даже папа Иннокентий XI благоприятствовал видам союза. А после того, как королём Англии стал Вильгельм Оранский к «аугсбургской лиге» присоединилась и Англия. Война продолжалась десять лет и истощила обе стороны, но Франция выдержала этот натиск.
В английском парламенте преобладали землевладельцы, многие из которых были пуританами. В 1641 году произошло восстание в Ирландии, и потребовалось войско для его подавления. Однако парламент отказался доверить командование королю. Страна разделилась на сторонников короля и сторонников парламента. Обе стороны создали свои армии. На первых порах армия парламента уступала королевской, но после реорганизации, проведённой Оливером Кромвелем, парламентская армия стала воевать лучше и в конечном итоге победила. Король был казнён, и образовалось Содружество Англии, Шотландии и Ирландии под протекторатом Кромвеля. Армия стала главной силой английской политики. В это время закончилась Тридцатилетняя война. Испания была ослаблена, Голландия распустила армию и флот, и Англия оказалась одним из сильнейших государств. Нидерландам было предложено вступить в Содружество, но их промедление с ответом привело к англо-голландской войне. В 1658 Кромвель умер, а через год генерал Монк ввёл войска в Лондон и восстановил монархию. Армия была отстранена от власти. В парламенте большинство составили землевладельцы. Новый король стал в тайне искать союза с Испанией и собирался восстановить католицизм. После его смерти трон занял его брат − католик Яков II. Он стал назначать на высшие должности католиков, и против него возник заговор. Заговорщики вступили в союз племянником короля Вильгельмом Оранским, который во главе сорокатысячного войска высадился в Англии. Армия Вильгельма состояла из протестантов, в числе которых были даже наёмники из Пруссии. Войско короля, состоявшее в значительной степени из ирландцев, было разбито, и король бежал во Францию, к Людовику XIV. Яков и Людовик еще долго вели борьбу за английскую корону, но Лондон так и не взяли. Новым королём Англии в 1688 году был провозглашён Вильгельм, который стал одновременно правителем Шотландии, Ирландии и Нидерландов. Королевская власть была ограничена парламентом, и в Англии установилась конституционная монархия.