Название «Россия» заимствовано в XVII веке московскими грамотеями из греческих книг. Оно выражало претензию Москвы на византийское наследство, а следовательно, и на верховенство на Русской равнине. Претензия эта родилась из экономической и военной мощи Московского царства, и всё это было связано с присутствием в Москве митрополита «всея Руси». В предшествующие века Русское великое княжество располагалось на западе Русской равнины и целиком её никогда не занимало. Москва же расширилась далеко на восток и на деле была наследницей Золотой орды. Но подхватив православную хоругвь, оброненную Византией, Москва заявляла себя наследницей Царьграда, который в прошлом был «высшей инстанцией» для Русского мира. Логично было подкрепить эти претензии, назвавшись греческим именем.
Основной административной единицей Московского государства был уезд. Деление на уезды сложилось постепенно, на основе прежних уделов. Удел же (удельное княжество) это то же, что в Европе графство, а великое княжество ― королевство. До середины XVII века южные города Русского царства представляли собой обособленные пограничные остроги, поставленные близко к татарским сакмам («сакма» ― «дорога, тропа»). Дорога тоже слово татарское: «даруга» это «наместник». Но, поскольку на наших просторах в любую область надо уезжать, и долго ехать, то дорога-даруга превратилась в уезд. В Казанском царстве, например, так и говорили: Арская дорога, Сибирская дорога, Осинская дорога ― это всё административные единицы.
В 1621 году Посольский приказ для царя стал издавать первую русскую газету — «Вестовые письма». В 1631-34 годы были организованы полки «нового строя» (рейтарский, драгунский, солдатский). В 1632 году Андрей Виниус с разрешения царя основал близ Тулы чугуноплавильные, железоделательные и оружейные заводы. Срок поимки беглых крестьян был увеличен до 9 лет, а в 1642 году — до 10. В 1645 царём стал «тишайший» Алексей Михайлович. Бывший его «дядька» Борис Морозов изыскивал способы для пополнения государственной казны, увеличивая тяготы посадских людей. Это правительство поддерживало гостей и купцов. В июне 1648 вспыхнул «соляной бунт». Стрельцы перешли на сторону восставших, которым по их требованию был выдан судья Земского приказа (управлял Москвой) Плещеев. Его убили «как собаку, ударами дубины». Царь отложил взимание недоимок, а боярина Морозова отстранил от управления. Был созван Земский собор, принявший новый кодекс ― Соборное уложение, основаны приказы Тайных дел, Счётных дел (аудит), Хлебный, Рейтарский, произведена подворная перепись. Из европейских наёмников были сформированы новые полки.
Речь Посполитая постепенно слабела, и войско Запорожское фактически от неё отложилось. В Молдове с 1634 года правили московские и запорожские агенты, а в 1656 было достигнуто согласие о принятии её в состав России. Но тогда побоялись обострять отношения с турками. В 1648 запорожцы восстали и разгромили поляков. В январе 1649 гетман Хмельницкий триумфально въехал через Золотые Ворота в Киев. Его встречал Иерусалимский патриарх Паисий, уговаривавший его создать отдельное православное Русское княжество. Но гетман предпочёл просить Алексея Михайловича «о принятии Войска Запорожского под высокую государеву руку». Украина была разорена войной. Чтобы помочь, Москва и Стамбул отменили ввозные пошлины. Хмельницкий вёл переговоры со Швецией, Османской империей и Московским царством. Земский собор 1653 года решил: «гетмана Богдана Хмельницкого и все войско запорожское, с городами их и с землями принять под свою государскую высокую руку». В Переяславле была собрана рада, на которой после речи Хмельницкого, указывавшего на необходимость идти в подданство кого-нибудь из четырёх государей: султана турецкого, хана крымского, короля польского или царя московского, решили: «Волим под царя московского, православного». Посол Бутурлин вручил гетману царский флаг и булаву. Москва вступила в войну с Польшей. В 1654 московские войска взяли Смоленск. В 1667 был заключён российско-польский мир, по которому Смоленск, Северская земля, левая сторона Днепра и Киев отошли к Москве.
После гибели царя Кучума Сибирь до Иртыша, была присоединена к России, а земли восточнее заняты Джунгарским царством основателем которого был калмыцкий ноён Каракула. Под его властью были Джунгария и верхнее течение Или. Власть его сына Батура уже признавали енисейские кыргызы, казахские жузы, Монголия, Калмыцкое царство (Южная Сибирь, Северный Казахстан, Северный Кавказ) и Кукунорское (Цинхай). Князь Иренек при поддержке джунгар объединил кыргызов. С 1667 он остановил продвижение русских. Кыргызы нападали остроги, сжигали деревни и посевы. В 1673 сожгли Ачинский острог. В 1677 Иренеку «удалось… добиться … признания союзнических отношений, вместо ясачных». С Москвой был заключён мирный договор. В 1680 была установлена граница между русскими и кыргызскими владениями по Июсу. Всё это время Иренек оставался подданным джунгарского царя.
Ещё в XVI веке через ямальский волок поморы совершали свои походы в Обскую губу. В 1572 году на реке Таз они построили порт. Оттуда вывозили столько мехов, что Мангазею называли «златокипящей». Туда норовили и англичане. В 1600 по указу царя Бориса из Тобольска были присланы войска, заложены острог и церковь, в 1603 учреждено воеводство. В 1607 покорены енисейские самоеды (энцы) и основан Туруханск, а в 1619 ― Енисейск. В Туруханске от тунгусов русские узнали о большой и богатой пушным зверем реке Елюенэ к востоку от Енисея. В 1620 Пянда с товарищами прошёл на стругах по Нижней Тунгуске. Торгуя с тунгусами, он в 1623 перешёл Чечуйский волок, вышел на Лену в районе Киренска и сплавился вниз до района Якутска. В 1630 был основан Киренск. В 1631 заложен Братский острог, в 1632 — Якутск и Жиганск. Якуты расселились среди тунгусов на Лене почти одновременно с приходом русских. В 1633 Иван Ребров открыл устье Лены и реку Яну. В 1638 учреждено Якутское воеводство, а сотник Иванов совершил поход на Индигирку, покорив юкагиров. В 1639 Иван Москвитин вышел к Охотскому морю. В 1643 атаман Колесников достиг Байкала, а Михаил Стадухин — Колымы. В 1648 Дежнёв прошёл проливом между Аляской и Чукоткой, открыв Аляску.
Осенью 1651 года отряд Ерофея Хабарова спустился по Амуру и построил там Ачанский острог. Но местные донесли маньчжурам, которые прислали отряд в 600 воинов. Перестрелка продолжалась целый день. Под вечер маньчжуры продвинулись и вырубили три звена стены острога. Однако Хабаров успел подвести к пролому большую пушку и встретить атакующих огнём в упор. Маньчжуры отошли, тогда казаки сделали вылазку и обратили маньчжуров в бегство. Понимая серьёзность положения, Хабаров решил оставить острог и ушёл вверх по Амуру. «А в Даурской земли на усть Зеи и на усть Шингалу (Сунгари) теми людьми сесть не смеем, потому что тут Богдоева (Китайская) земля близко, и войско приходит на нас большое с огненным оружьем и с пушками и с мелким оружьем огненным». В 1653 основаны Чита и Нерчинск, в 1661 — Иркутск, в 1666 —Удинское зимовье (Улан-Удэ). В 1665 в Албазине обосновались беглые русские бунтовщики из Илима, а в 1672 он подчинился русской администрации. Маньчжуры планомерно готовились к боевым действиям — собирали войско, строили флот, готовили провиант.
В мае 1670 года донской казак Степан Разин объявил себя врагом всех воевод и дьяков, обвинив их в «измене» царю. Он захватил Астрахань, Царицын, Саратов и Самару. Во всех занятых городах вводилось казачье устройство, представителей центральной власти убивали, канцелярские бумаги уничтожали. На Волге начались восстания крепостных. Отложилась от Москвы черемиса (марийцы), чуваши, татары, мордва. Осенью Разин был разбит под Симбирском, потом взят в плен домовитыми казаками и выдан царским воеводам. При Фёдоре Алексеевиче ещё раз было отменено местничество, и главным критерием продвижения по службе стали личные способности и выслуга лет. Молодые бояре стали брить бороды, а при дворе было запрещено появляться в традиционных охабнях и однорядках. Придворные на польский манер, стали носить кунтуши, стричь волосы по-польски и учиться польскому языку. В 1681 была создана Типографская школа при Заиконоспасском монастыре. Когда в 1682 году царь умер, наследником был 15-летний царевич Иван. Он считался неспособным к управлению, и Милославские, родственники его матери, боялись, что Нарышкины (родственники 10-летнего царевича Петра) их отодвинут. Решили провозгласить царями обоих: Ивана — старшим, а Петра — младшим и назначить при них регентшей царевну Софью (из Милославских). «Старший» царь был венчан подлинной шапкой Мономаха, а «младший» ― копией. Петра поселили в Преображенском. Его «дядька» князь Голицын «человек ума великого, а особливо остроты, но к делам неприлежной, понеже любил забавы, а особливо склонен был к питию. И оной есть первым, которой начал с офицерами и купцами-иноземцами обходиться. И по той своей склонности к иноземцам оных привел в откровенность ко двору, и царское величество склонил к ним в милость», ― писал князь Куракин. Голицын поощрял увлечения царя военным делом и науками. Пётр создал в Преображенском «потешное» войско. В 1689 Ивану было уже 22, а Петру ― 17. Оба были женаты. Оснований для регентства Софьи уже не было, но она продолжала удерживать в своих руках власть. В августе распространился слух о том, что царь Пётр ночью решил захватить Кремль. Были собраны стрелецкие полки, чтобы идти на Преображенское. Однако двое стрельцов донесли об этом Петру, который со своими «потешными» полками и артиллерией занял Троице-Сергиев монастырь. К концу месяца противостояние окончилось подчинением стрельцов Петру. Софья была заключена в Новодевичий монастырь.
В 1682 году Россия учредила Албазинское воеводство. Вслед за тем маньчжуры захватили русскую флотилию, напали на Верхнезейский острог. Напротив Албазина они построили земляную крепость Айгун. Летом 1685 русским был послан указ Лифаньюаня (министерство колоний) под угрозой смерти немедленно уйти, а вокруг Албазина были возведены осадные сооружения. С севера были установлены «ломовые» пушки, ядра которых пролетали город насквозь, пробивая ближнюю и дальнюю стены. В результате пожаров в Албазине сгорели хлебные амбары и церковь с колокольней. Под обстрелами погибло около 100 человек. В июне русские ушли. Китайцы уничтожили строения Албазина и оставили в Айгуне 500 человек. В августе на пепелище прибыл отряд из 514 служилых и 155 промысловиков и крестьян. До зимы город и несколько деревень были отстроены заново. Новый Албазинский острог окружили земляные валы, в которых была скрыта деревянная городня. Толщина валов достигала 4 сажени (8,5 м.), высота была в 1,5 сажени (более 3 м). На гребне вала были оборудованы боевые позиции. На речной стороне построили бревенчатую наблюдательную башню. Линия укреплений была сделана ломаной, с «бастеями» (бастионами). Албазинская артиллерия включала тяжёлую мортиру, стрелявшую пудовыми ядрами, восемь медных пушек и три легких затинных пищали. Имелось 112 пудов пороха и 60 пудов свинца. Продовольствия было достаточно для 800 человек на 2 года.
В июле 1686 маньчжуры устроили вокруг Албазина четыре осадных городка. На расстоянии 400 м крепость окружили траншеями и валами, за которыми были устроены «раскаты» — насыпные возвышения. На раскатах установили тяжёлые орудия для обстрела внутрикрепостного пространства. Всего у маньчжур было 15 «ломовых» орудий, способных простреливать весь Албазин. Защитники укрывались от их огня в подземных убежищах, все строения в городе были разрушены. Когда реки замёрзли, у китайского войска возникли проблемы с продовольствием. У русских хлеба было довольно, но вспыхнула эпидемия цинги, из-за которой к началу зимы погибло 500 человек. К декабрю оставалось в живых всего 150 казаков, из которых более сотни «оцынжали». Нерчинский договор (1689) установил русско-китайскую границу, и обязал русских разорить Албазин.
Весной 1697 Атласов из Анадырского острога с отрядом из казаков и юкагиров предпринял поход на оленях на Камчатку. Были захвачены четыре корякских острожка и заложен Верхнекамчатский острог. На южной оконечности полуострова, из устья реки Нынгичу (Голыгиной) Атласов наблюдал неизвестные ранее острова. У камчадалов он встретил пленного японца. Так русские впервые узнали о Японии.